Filen er organisert i kolonner. For hunder gjelder følgende:
- ID: Identifikatoren til hver probe på Axiom-genotypingsbrikken fra Thermo Fisher Scientific. Hver probe undersøker en SNP eller en liten insersjon eller delesjon.
- Kromosom: Hunder har 38 par autosomer, nummerert fra 1 til 38. Kjønnskromosomene vises som 39 (X) og 40 (Y), og markører i mitokondrielt DNA som 42.
- Posisjon: Markørens plassering i referansegenomet CanFam 3.1, utarbeidet av Broad Institute og tilgjengelig hos det amerikanske National Center for Biotechnology Information (NCBI).
- Genotype: De to bokstavene (allelene) kjæledyret har ved markøren, én for hver kopi: A, C, G eller T. Insersjoner angis med I og delesjoner med D. Hanner har bare én kopi av X- og Y-kromosomene, og mitokondrielt DNA representeres med én verdi. I begge tilfeller kan filen vise bokstaven gjentatt. Hvis en markør ikke kunne leses, vises en bindestrek (-). Genotypene angis i forhold til den positive (+) tråden i referansegenomet.
For katter har filen samme struktur, men med kattens kromosomer og referansegenom.