Tous les utilisateurs du test ADN Koko Genetics ont à leur disposition le fichier Raw Data de leur animal. Il s'agit d'un fichier très précieux qui contient des informations génétiques entièrement brutes, générées dans notre laboratoire à partir de l'ADN extrait de l'échantillon de salive.
Contrairement aux rapports visuels que vous trouvez sur votre plateforme, cette lecture pure n'a pas encore été soumise au contrôle de qualité bioinformatique qui filtre les variantes présentées dans les analyses finales. Au lieu de cela, il comprend une liste complète des dizaines de milliers de marqueurs génétiques présents dans le tableau de génotypage, les nucléotides que possède votre animal et leur position exacte dans le génome.
Pour accéder à votre dossier et en tirer le meilleur parti, il vous suffit de prendre en compte les étapes et détails techniques suivants :
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Chemin de téléchargement : Vous pouvez obtenir vos données brutes en vous connectant à votre compte Koko Genetics et en accédant à Espace privé > Paramètres > Données brutes.
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Format de fichier : En raison de l’immense quantité d’informations génétiques qu’elle contient, la plateforme générera un fichier compressé au format .zip. Il vous suffit de le décompresser sur votre ordinateur pour accéder au document final, qui s'ouvrira au format .csv ou .txt.
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Comment lire le document : Lorsque vous ouvrez le fichier, vous verrez les informations organisées en colonnes. La troisième colonne vous indique la position spécifique sur le chromosome où se trouve ce marqueur (ou l'ID de la sonde). De son côté, la dernière colonne vous montre le génotype de votre animal pour chaque marqueur, toujours composé de deux allèles (puisque les mammifères ont deux copies de chaque chromosome).
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Utilité des données : Vous pouvez utiliser ce fichier de données brutes pour vérifier vous-même le génotype de votre animal pour tout marqueur spécifique présent sur notre puce. De plus, comme il s’agit d’un format standard, il permet d’exporter et de saisir ces données sur des plateformes génétiques externes acceptant les fichiers bruts.