Les « données brutes » ou fichier Raw Data stockent tous les résultats des marqueurs génétiques inclus dans notre puce de génotypage qui sont mesurés en laboratoire. Il est important de comprendre que, de toute cette immense lecture brute, seule une sélection de marqueurs est analysée et validée individuellement pour former les rapports visuels de la plateforme Koko Genetics.
Vous pouvez facilement télécharger ce fichier en accédant à votre compte privé dans le chemin Paramètres > Données brutes. Une fois téléchargé, il permet de rechercher facilement le résultat de marqueurs spécifiques (soit par leur numéro d'identification RS, soit par leur position dans le génome) et de le télécharger sur d'autres plateformes d'interprétation génétique. Cependant, vous devez garder à l’esprit que ces données brutes sont fournies à titre informatif uniquement et ne doivent jamais être utilisées à des fins médicales ou diagnostiques sans l’avis d’un professionnel vétérinaire.
Lorsque vous ouvrirez le document, vous verrez les informations biologiques réparties dans plusieurs colonnes techniques. Ci-dessous, nous expliquons comment interpréter chacun d’eux :
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ID (Identifiant) : Il fait référence à l'ID des sondes présentes dans notre panoplie technologique (Axiom™ Canine HD Array). Les variants analysés dans cette section correspondent à des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et à de petites insertions ou délétions génétiques.
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Chromosomes : Il indique le numéro exact du chromosome sur lequel se situe la variante génétique. Les chiens possèdent 38 paires de chromosomes autosomiques (indiqués par un nombre de 1 à 38). Les chromosomes sexuels portent les numéros 39 et 40, tandis que les marqueurs situés dans l'ADN mitochondrial portent le numéro 42.
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Poste : Il reflète l'emplacement exact du marqueur génétique basé sur notre génome de référence, CanFam 3.1.
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Génotype : Cette colonne contient les résultats du génotype de votre animal pour chaque marqueur. Les génotypes sont représentés par des combinaisons par paires des quatre nucléotides d'ADN : A, T, G et C. Les insertions génétiques sont représentées par la lettre I et les délétions par D. Si, pour une raison technique, le génotype d'un marqueur particulier n'a pas pu être déterminé, le symbole « – » apparaîtra. Toute cette lecture est orientée dans Plus selon le génome de référence CanFam 3.1, du National Center for Biotechnology Information (NCBI).