Allen Nutzern des Koko Genetics DNA-Tests steht die Raw Data-Datei (oder Rohdaten) ihres Haustieres zur Verfügung. Es handelt sich um eine sehr wertvolle Datei, die die völlig unbearbeiteten genetischen Informationen enthält, genau so, wie sie in unserem Labor aus der aus der Speichelprobe extrahierten DNA generiert werden.
Im Gegensatz zu den visuellen Berichten, die Sie auf Ihrer Plattform finden, hat diese reine Auslesung noch nicht die bioinformatische Qualitätskontrolle durchlaufen, die herausfiltert, welche Varianten in den endgültigen Analysen angezeigt werden. Stattdessen enthält sie eine vollständige Liste der Zehntausenden von genetischen Markern, die auf dem Genotypisierungs-Array vorhanden sind, der Nukleotide, die Ihr Haustier besitzt, und ihrer genauen Position im Genom.
Um auf Ihre Datei zuzugreifen und das Beste aus ihr herauszuholen, müssen Sie nur die folgenden Schritte und technischen Details beachten:
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Download-Pfad: Sie können Ihre Rohdaten abrufen, indem Sie sich in Ihr Koko Genetics-Konto einloggen und zu Privater Bereich > Einstellungen > Raw Data gehen.
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Dateiformat: Aufgrund der immensen Menge an enthaltenen genetischen Informationen generiert die Plattform eine komprimierte Datei im .zip-Format. Sie müssen sie nur auf Ihrem Computer entpacken, um auf das endgültige Dokument zuzugreifen, das sich im .csv- oder .txt-Format öffnet.
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So lesen Sie das Dokument: Wenn Sie die Datei öffnen, sehen Sie die Informationen in Spalten angeordnet. Die dritte Spalte zeigt Ihnen die genaue Position auf dem Chromosom, an der sich dieser Marker befindet (oder die Sonden-ID). Die letzte Spalte zeigt Ihnen den Genotyp Ihres Haustieres für jeden Marker, der immer aus zwei Allelen besteht (da Säugetiere zwei Kopien jedes Chromosoms haben).
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Nutzen der Daten: Sie können diese Raw Data-Datei verwenden, um den Genotyp Ihres Haustieres für jeden spezifischen Marker auf unserem Chip selbst zu überprüfen. Da es sich um ein Standardformat handelt, können Sie diese Daten außerdem exportieren und in externe genetische Plattformen importieren, die Rohdaten-Dateien akzeptieren.