Wszyscy użytkownicy testu DNA Koko Genetics mają do dyspozycji plik Raw Data swojego zwierzaka. Jest to bardzo cenny plik zawierający całkowicie surową informację genetyczną, wygenerowaną w naszym laboratorium z DNA pobranego z próbki śliny.
W przeciwieństwie do raportów wizualnych, które znajdziesz na swojej platformie, ten czysty odczyt nie przeszedł jeszcze bioinformatycznej kontroli jakości, która filtruje warianty pokazane w ostatecznych analizach. Zamiast tego zawiera pełną listę dziesiątek tysięcy markerów genetycznych obecnych w tablicy genotypowej, nukleotydy, jakie posiada Twoje zwierzę oraz ich dokładną pozycję w genomie.
Aby uzyskać dostęp do pliku i jak najlepiej go wykorzystać, wystarczy wziąć pod uwagę następujące kroki i szczegóły techniczne:
-
Ścieżka pobierania: Możesz uzyskać surowe dane, logując się na swoje konto Koko Genetics i przechodząc do Obszar prywatny > Ustawienia > Surowe dane.
-
Format pliku: Ze względu na ogromną ilość zawartych w niej informacji genetycznych platforma wygeneruje skompresowany plik w formacie .zip. Wystarczy rozpakować go na komputerze, aby uzyskać dostęp do ostatecznego dokumentu, który otworzy się w formacie .csv lub .txt.
-
Jak czytać dokument: Po otwarciu pliku zobaczysz informacje zorganizowane w kolumnach. Trzecia kolumna informuje o konkretnej pozycji na chromosomie, w której znajduje się ten marker (lub identyfikator sondy). Ze swojej strony ostatnia kolumna pokazuje genotyp Twojego zwierzaka dla każdego markera, zawsze składający się z dwóch alleli (ponieważ ssaki mają dwie kopie każdego chromosomu).
-
Przydatność danych: Możesz użyć tego pliku surowych danych, aby samodzielnie sprawdzić genotyp swojego zwierzaka pod kątem konkretnego znacznika znajdującego się na naszym chipie. Ponadto, ponieważ jest to format standardowy, umożliwia eksport i wprowadzanie tych danych do zewnętrznych platform genetycznych, które akceptują surowe pliki.