„Raw data” lub plik Raw Data przechowują wszystkie wyniki markerów genetycznych zawartych w naszym chipie genotypującym, które są mierzone w laboratorium. Ważne jest, aby zrozumieć, że z całego tego ogromnego, surowego odczytu tylko wybrane markery są analizowane i zatwierdzane indywidualnie w celu utworzenia raportów wizualnych platformy Koko Genetics.
Możesz wygodnie pobrać ten plik, uzyskując dostęp do swojego prywatnego konta w ścieżce Ustawienia > Surowe dane. Po pobraniu umożliwia łatwe wyszukiwanie wyników określonych markerów (według numeru identyfikacyjnego RS lub pozycji w genomie) i przesyłanie ich na inne platformy interpretacji genetycznej. Należy jednak pamiętać, że te surowe dane służą wyłącznie celom informacyjnym i nigdy nie powinny być wykorzystywane do celów medycznych lub diagnostycznych bez porady lekarza weterynarii.
Po otwarciu dokumentu zobaczysz informacje biologiczne rozmieszczone w kilku kolumnach technicznych. Poniżej wyjaśniamy, jak interpretować każdy z nich:
-
Identyfikator (identyfikator): Odnosi się do identyfikatora sond znajdujących się w naszej matrycy technologicznej (Axiom™ Canine HD Array). Warianty analizowane w tej sekcji odpowiadają polimorfizmom pojedynczego nukleotydu (SNP) i niewielkim insercjom lub delecjom genetycznym.
-
Chromosom: Wskazuje dokładną liczbę chromosomu, na którym zlokalizowany jest wariant genetyczny. Psy mają 38 par chromosomów autosomalnych (oznaczonych liczbą od 1 do 38). Chromosomy płciowe nazywane są liczbami 39 i 40, natomiast markery znajdujące się w mitochondrialnym DNA oznaczone są liczbą 42.
-
Stanowisko: Odzwierciedla dokładną lokalizację markera genetycznego w oparciu o nasz genom referencyjny, CanFam 3.1.
-
Genotyp: Ta kolumna zawiera wyniki genotypu Twojego zwierzaka dla każdego markera. Genotypy przedstawiono jako kombinacje parami czterech nukleotydów DNA: A, T, G i C. Insercje genetyczne są oznaczone literą I, a delecje literą D. Jeśli z jakiegoś powodu technicznego nie można określić genotypu konkretnego markera, pojawi się symbol „–”. Wszystkie te odczyty są zorientowane w Plusie zgodnie z genomem referencyjnym CanFam 3.1 z Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI).