Raaka geneettinen data: mitä se on, mitä se sisältää ja kuinka ladata se Koko Geneticsistä

Mikä on Koko Geneticsin Raw Data? Katso mitä lemmikkisi raaka DNA-tiedosto sisältää, mihin sitä käytetään ja miten voit ladata sen ilmaiseksi vaikka jo tänään.

Kun saat Koko Genetics -tulokset, näet kauniin, helposti ymmärrettävän ja mielenkiintoisia yksityiskohtia vilisevän raportin karvaturrisi rodusta, piirteistä ja terveydestä. Mutta tiesitkö, että tuon raportin takana on valtava tietokanta?

Me Koko Geneticsillä uskomme, että lemmikkisi geneettinen tieto kuuluu sinulle. Siksi tuomme saatavillesi Raw Datan: suoraan laboratoriostamme tulevan alkuperäisen ja käsittelemättömän tiedoston.

Mikä on tarkalleen ottaen geneettinen Raw Data?

Koirien ja kissojen Raw Data on digitaalinen tiedosto, joka sisältää lemmikkisi genotyypityksen täydellisen luennan. Voit kuvitella sen valokuvan "negatiivina" tai raaka-aineina ennen lopullisen ruokalajin kokkaamista.

Tämä tiedosto sisältää tiedon kaikista niistä geneettisistä merkkiaineista, jotka ovat mukana laboratoriossa käyttämällämme sirulla (array) – ei vain niistä, jotka näkyvät tulosraportissasi. Kyseessä on massiivinen nukleotidien (DNA-kirjainten) luenta sellaisena kuin teknologiamme sen havaitsee. Koska kyseessä on "raakadata", se ei ole käynyt läpi sitä tulkintasuodatinta tai erityistä laadunvalvontaa, jota sovellamme terveys- ja piirreraporttien luomiseen. Se on puhtaasti teknistä tietoa.

Mitä tietoja tämä tiedosto sisältää?

Kun lataat Raw Datasi, saat .csv-muotoisen tiedoston (joka on suuren kokonsa vuoksi pakattu .zip-muotoon), joka sisältää yli kymmeniä tuhansia merkkiaineita. Jokainen rivi edustaa tiettyä kohtaa lemmikkisi genomissa.

Jotta voisit tulkita sitä kuin asiantuntija, tässä on opas tiedostosi sarakkeiden ymmärtämiseen:

1. ID (Probe ID): Tämä on koettimen tunniste sirullamme (Axiom Koko Array). Se on ikään kuin kyseisen merkkiaineen "tekninen nimi".
2. Kromosomi (Cromosoma): Kertoo, missä kyseinen geenimuunnos sijaitsee.
3. Sijainti (Posición): Tarkka paikka kromosomin sisällä, jossa merkkiaine on. Käytämme tässä karttana koirille CanFam 3.1 -viitegenomia (nykyinen tieteellinen standardi) ja kissoille Felis catus_9.0 -viitegenomia.
4. Genotyyppi (Genotipo): Tässä on itse "ydin". Näet kahden kirjaimen (alleelin) yhdistelmiä, jotka voivat olla A, T, G, C.
   • Jos näet kirjaimen I tai D, ne viittaavat insertioihin (lisäyksiin) tai deleetioihin (poistamiin).
   • Jos kohdalla näkyy viiva (–), se tarkoittaa, ettei genotyyppiä pystytty määrittämään kyseiselle tietylle merkkiaineelle.

Mihin Raw Dataa tarvitaan?

Saatat miettiä: “Jos minulla on jo hieno raporttini, mihin tarvitsen jättimäistä taulukkolaskentatiedostoa?“. Tässä on kolme syytä:

• Täydellinen läpinäkyvyys: Sinulla on pääsy samaan perustietoon kuin meilläkin.
• Oma tutkimus: Jos olet edistynyt käyttäjä tai eläinlääkäri, voit etsiä itseäsi kiinnostavia erityisiä muunnoksia.
• Yhteensopivuus: Tällä hetkellä ei ole olemassa muita ulkopuolisia yrityksiä tai alustoja, jotka mahdollistavat koirien tai kissojen Raw Data -tiedostojen lataamisen ja käsittelyn. Koska ala kehittyy kuitenkin hurjaa vauhtia, on mahdollista, että tilanne muuttuu ja uusia mahdollisuuksia avautuu tulevaisuudessa. Me Koko Geneticsillä olemme valmiita mukautumaan tähän suuren harppaukseen.

Askel askeleelta: Miten lataat lemmikkisi Raw Datan

Tämän tiedoston hankkiminen on erittäin helppoa ja Koko Geneticsin käyttäjille täysin ilmaista. Seuraa vain näitä ohjeita:

1. Kirjaudu sisään Koko Genetics -tilillesi.
2. Mene omalle yksityiselle alueellesi (Área Privada).
3. Klikkaa Asetukset-osiota (Ajustes).
4. Valitse vaihtoehto Raw Data.

Järjestelmä luo ja lataa automaattisesti .zip-tiedoston. Sinun tarvitsee vain purkaa se tietokoneellasi päästäksesi käsiksi .csv- tai .txt-tiedostoon tarkastellaksesi tietoja.

Saadaksesi pääsyn tälle yksityiskohtaisuuden tasolle (ja sen Raw Data -tiedostoon), sinun on ensin teetettävä genotyypitys parhaalle ystävällesi. Meidän DNA-testimme koirille ja kissoille toimii ovenavauksena sen biologiaan.