Het bestand is ingedeeld in kolommen. Voor honden geldt het volgende:
- ID: de identificatiecode van elke probe op de Axiom-genotyperingschip van Thermo Fisher Scientific. Elke probe onderzoekt een SNP of een kleine insertie of deletie.
- Chromosoom: honden hebben 38 paren autosomen, genummerd van 1 tot en met 38. De geslachtschromosomen worden weergegeven als 39 (X) en 40 (Y), en markers van het mitochondriale DNA als 42.
- Positie: de locatie van de marker in het referentiegenoom CanFam 3.1, samengesteld door het Broad Institute en beschikbaar bij het Amerikaanse National Center for Biotechnology Information (NCBI).
- Genotype: de twee letters (allelen) die je huisdier op die marker heeft, één per kopie: A, C, G of T. Inserties worden aangeduid met I en deleties met D. Mannetjes hebben slechts één kopie van de chromosomen X en Y. Mitochondriaal DNA wordt met één waarde weergegeven. In beide gevallen kan het bestand de letter herhaald tonen. Als een marker niet kon worden uitgelezen, staat er een streepje (-). De genotypen worden weergegeven ten opzichte van de positieve (+) streng van het referentiegenoom.
Bij katten heeft het bestand dezelfde structuur, maar met de chromosomen en het referentiegenoom van de kat.