Filen är organiserad i kolumner. För hundar gäller följande:
- ID: identifieraren för varje prob på Axiom-genotypningschipet från Thermo Fisher Scientific. Varje prob analyserar en SNP eller en liten insertion eller deletion.
- Kromosom: hundar har 38 par autosomer, numrerade från 1 till 38. Könskromosomerna visas som 39 (X) och 40 (Y), och markörer i mitokondriellt DNA som 42.
- Position: markörens plats i referensgenomet CanFam 3.1, framtaget av Broad Institute och tillgängligt hos det amerikanska National Center for Biotechnology Information (NCBI).
- Genotyp: de två bokstäver (alleler) som djuret har vid markören, en för varje kopia: A, C, G eller T. Insertioner anges med I och deletioner med D. Hanar har bara en kopia vardera av X- och Y-kromosomerna, och mitokondriellt DNA representeras med ett enda värde. I båda fallen kan filen visa bokstaven upprepad. Om en markör inte har kunnat läsas visas ett bindestreck (-). Genotyperna anges i förhållande till referensgenomets positiva (+) sträng.
För katter har filen samma struktur men använder kattens kromosomer och referensgenom.