Alla användare av Koko Genetics DNA-test har sitt husdjurs rådatafil till sitt förfogande. Detta är en mycket värdefull fil som innehåller helt rå genetisk information, som genereras i vårt laboratorium från DNA som extraherats från salivprovet.
Till skillnad från de visuella rapporterna du hittar på din plattform har denna rena läsning ännu inte gått igenom bioinformatisk kvalitetskontroll som filtrerar vilka varianter som visas i de slutliga analyserna. Istället innehåller den en komplett lista över de tiotusentals genetiska markörer som finns i genotypningsarrayen, de nukleotider som ditt husdjur har och deras exakta position i genomet.
För att komma åt din fil och få ut det mesta av den behöver du bara ta hänsyn till följande steg och tekniska detaljer:
-
Nedladdningssökväg: Du kan få dina rådata genom att logga in på ditt Koko Genetics-konto och gå till Privat område > Inställningar > Rådata.
-
Filformat: På grund av den enorma mängd genetisk information den innehåller kommer plattformen att generera en komprimerad fil i .zip-format. Du behöver bara packa upp det på din dator för att komma åt det slutliga dokumentet, som öppnas i .csv- eller .txt-format.
-
Så här läser du dokumentet: När du öppnar filen kommer du att se informationen organiserad i kolumner. Den tredje kolumnen talar om den specifika positionen på kromosomen där markören (eller sond-ID) finns. För sin del visar den sista kolumnen ditt husdjurs genotyp för varje markör, som alltid består av två alleler (eftersom däggdjur har två kopior av varje kromosom).
-
Data användbarhet: Du kan använda den här rådatafilen för att själv kontrollera ditt husdjurs genotyp för någon specifik markör som finns på vårt chip. Dessutom, eftersom det är ett standardformat, låter det dig exportera och ange dessa data till externa genetiska plattformar som accepterar råfiler.