Jaké technické vlastnosti má soubor Raw Data mého mazlíčka?

Soubor je uspořádán do sloupců. U psů obsahuje:

  • ID: identifikátor každé sondy genotypizačního čipu Axiom od Thermo Fisher Scientific. Každá sonda analyzuje SNP nebo malou inserci či deleci.
  • Chromozom: psi mají 38 párů autozomů, označených čísly 1 až 38. Pohlavní chromozomy jsou uvedeny jako 39 (X) a 40 (Y), markery mitochondriální DNA jako 42.
  • Pozice: poloha markeru v referenčním genomu CanFam 3.1, vytvořeném institutem Broad Institute a dostupném v americkém National Center for Biotechnology Information (NCBI).
  • Genotyp: dvě písmena (alely), která má váš mazlíček v daném markeru, jedno pro každou kopii: A, C, G nebo T. Inserce jsou označeny I a delece D. U samců je chromozom X i Y přítomen pouze v jedné kopii a mitochondriální DNA se vyjadřuje jedinou hodnotou. V obou případech může soubor zobrazovat písmeno dvakrát. Pokud marker nebylo možné přečíst, je uvedena pomlčka (-). Genotypy jsou vyjádřeny vzhledem k pozitivnímu vláknu (+) referenčního genomu.

U koček má soubor stejnou strukturu, ale používá kočičí chromozomy a referenční genom.