Il file è organizzato in colonne. Nei cani:
- ID: identificativo di ogni sonda del chip Axiom di Thermo Fisher Scientific. Ogni sonda analizza un SNP o una piccola inserzione o delezione.
- Cromosoma: i cani hanno 38 coppie di autosomi, numerate da 1 a 38. I cromosomi sessuali sono indicati come 39 (X) e 40 (Y); i marcatori del DNA mitocondriale come 42.
- Posizione: localizzazione del marcatore nel genoma di riferimento CanFam 3.1, elaborato dal Broad Institute e disponibile presso il National Center for Biotechnology Information (NCBI) degli Stati Uniti.
- Genotipo: le due lettere, o alleli, presenti nel marcatore, una per copia: A, C, G o T. Le inserzioni sono indicate con I e le delezioni con D. Nei maschi X e Y hanno una sola copia e il DNA mitocondriale è rappresentato da un unico valore; in entrambi i casi la lettera può apparire ripetuta. Un marcatore non letto è indicato da un trattino (-). I genotipi sono espressi rispetto al filamento positivo (+) del genoma di riferimento.
Nei gatti il file ha la stessa struttura, ma utilizza cromosomi e genoma di riferimento del gatto.